O Curso de Arquitetura foi fundado por Miguel Navarro Canizares, no ano de 1877, junto com a fundação a Academia de Belas Artes. O funcionamento nesta primeira fase foi cheio de lutas e dificuldades. Logo após a instalação da Academia, o arquiteto José Nivaldo de Alieno, organizou o curso de arquitetura, sendo este instalado inicialmente no Solar Janotas Abato, Rua 28 de Setembro - Centro. Em 1937, assumiu a direção da Escola de Belas Artes o professor Oseas dos Santos, que reorganizou o curso de arquitetura. Porém este ainda não tinha reconhecimento nacional e era questionada a aceitação da atuação profissional do arquiteto.
O Curso foi federalizado em 1949, a partir da incorporação da Escola de Belas Artes à Universidade. Este reconhecimento se deu através da emenda N° 21 do Projeto de Lei de N° 494. A Federalização assegurava ao arquiteto o pleno direito de exercer a sua profissão em todo o país e iria provocar uma futura correção na legislação de 11 de dezembro de 1933, que assegurava aos engenheiros civis, quase todos os campos profissionais do arquiteto, exceto: "obras essencialmente artísticas e monumentais" e "grandes decorações arquitetônicas".
Os sucessivos concursos para o corpo docente movimentaram a Escola e conferiram ao curso de arquitetura um grau mais elevado, no seio da comunidade universitária, pela qualificação de seus docentes.
Em 1959, a Faculdade separou-se da Escola de Belas Artes, estabelecendo-se no edifício onde funcionava a Biblioteca da Secretaria de Educação, situado à Avenida Sete de Setembro, n° 377 - Vitória. Assumiu então a direção, interinamente, o Dr. Leopoldo Afrânio do Amaral, sendo o primeiro diretor eleito o professor Walter Velloso Gordilho, tendo sido também o seu primeiro representante junto ao CREA. O curriculum do curso de arquitetura se formulou, tendo como base os conceitos do arquiteto Lúcio Costa e os princípios estabelecidos, no Congresso da União Internacional de Arquitetos, realizado em Lisboa no ano de 1959: "Desenvolver a sensibilidade plástica, a noção do espaço, a imaginação, a memória visual, o sentido do homem e do caráter". Em 1961 a Universidade Federal da Bahia cria o Campus Universitário, procurando transformar este espaço no grande centro cultural da cidade. Este centro iria se instalar na Federação e Ondina, ficando a Faculdade de Arquitetura localizada Rua Caetano Moura, n 121 - Federação.
Em 1962, deu-se início a construção dos pavilhões provisórios que iriam servir como instalação da Faculdade. A 16/08/63 a Faculdade é transferida da Vitória para a Federação, porém as obras para a nova sede só tiveram início em 1965. O projeto foi elaborado por uma comissão composta pelos professores Diógenes Rebouças, Américo Simas e Oscar Caetano Silva. O ano de 1970 foi marcado pela implantação da Reforma Universitária, e as disciplinas do curso foram agrupadas em 5 departamentos. Em 1973 foram concluídas as obras do pórtico e auditório. Na década de 80 a Faculdade cria metas para revigorar as atividades culturais, possibilitando a melhoria das condições para o desenvolvimento dos trabalhos de pesquisa e pós-graduação.